Des résistances aux antibiotiques… il y a 30 000 ans

par ismano le Lun 19 Sep - 19:50

L’histoire a commencé il y a un peu plus de 70 ans, et bien qu’on craigne qu’elle n’ait une fin, l’humanité n’y est pas préparée. Dès le début, pourtant, Fleming lui même nous avait prévenus que les bactéries apprendraient à résister aux antibiotiques… La résistance, un phénomène concomitant à la découverte des antibiotiques et que d’aucun imaginent avoir émergé simultanément : un concept en réalité totalement erroné, tant on a aujourd’hui compris que la large dissémination des facteurs de résistance n’est pas compatible avec l’hypothèse de leur émergence récente, mais suggère au contraire une histoire riche et longue. Les actinomycètes sont très vieux, pourquoi les gènes qu’ils hébergent ne le seraient-ils pas tout autant ?

Pour déterminer si des facteurs de résistance étaient déjà là il y des milliers d’années, VM D’Costa et coll. sont allés les rechercher dans le pergélisol (sous-sol gelé) du Pléistocène tardif. Les morceaux de séquence analysés ont pu être datés assez précisément, toutes contaminations (temporelles et autres) pouvant être écartées, dans leur coexistence avec des traces de vie ancienne, ADN de mammouths, chevaux, bisons, Lagopus et même végétaux locaux, récupérés sur territoire du Yukon, à l’Est de l’Alaska. Des témoins de la vie locale de la période inter glaciale du Pléistocène, il y a au moins 30 000 ans.

Et surprise : au milieu des traces génétiques de toute cette vie disparue, déjà des gènes de résistance aux antibiotiques ! Plusieurs classes d’antibiotiques étaient concernées, puisque les déterminants détectés incluaient la protéine Tet M (protéine de protection ribosomale conférant la résistance aux cyclines), des éléments de dipeptide hydrolase VanX D-Ala-D- Ala de résistance à la vancomycine, une b-lactamase Bla du groupe TEM ou une ribosome méthyltransferase Erm intervenant dans la résistance aux streptogramines B. Les auteurs, comme on le voit, ont recréé les protéines codées par les morceaux de gènes récupérés et les ont comparées avec celles que nous connaissons aujourd’hui, pour montrer leur similarité (pour établir, par exemple, une relation étroite entre les déterminants Tet anciens et ceux produits par streptomyces rimosus). Ils se sont particulièrement intéressés, dans une seconde étape, à la résistance à la vancomycine, et ont pu établir un lien entre les gènes VanA historiques et contemporains en cristallographie en observant que les structures tertiaires et quaternaires des protéines étaient restées quasiment inchangées (quelques différences structurelles sans effet sur le fonctionnement enzymatique).

Belle démonstration, reconnaissons le, que celle que nous fournit le cœur du pergélisol de Bear Creek. Qui doutait encore que les antibiotiques faisaient partie de l’héritage écologique naturel de la planète ?

Peut-être, un jour, découvrira t-on ces mêmes gênes dans d’autres prélèvements de pergélisol, datant de centaines de milliers d’années ou plus. En attendant, voilà quelques données qui relativiseront notre arrogante fierté scientifique: 30 000 ans au moins avant qu’on ne découvre la vancomycine dans des cultures de Streptomyces du sol de Bornéo, les bactéries du grand Nord Américain avaient la solution !

Dr Jack Breuil

D’Costa VM et coll. : Antibiotic resistance is ancient. Nature 2011 publication avancée en ligne le 31 août.doi 10 1038/nature 10388